Το νέο λογισμικό για τον σχεδιασμό φαρμάκων που αναπτύχτηκε στο CEITEC ήταν μια επιτυχία ενός νέου επιστήμονα Ροδίτη σε έναν παγκόσμιο διαγωνισμό

Rodiaki NewsRoom

Μια ακόμη επιτυχία ενός νέου Ροδίτη επιστήμονα που διαπρέπει στο εξωτερικό. Το νέο λογισμικό για το σχεδιασμό φαρμάκων που αναπτύχθηκε στο CEITEC ήταν μια επιτυχία του Δρ. Θωμά Ευαγγελίδη του Λεωνίδα και της Φανής Ευαγγελίδου σε έναν έντονο διεθνή διαγωνισμό.

Στο διαγωνισμό λογισμικού που ονομάζεται D3R Grand Challenge, ο οποίος στοχεύει στην προώθηση τεχνολογιών που θα μειώσουν το κόστος της ανακάλυψης φαρμάκων, ο Δρ. Θωμάς Ευαγγελίδης σημείωσε επιτυχία, παρά τον έντονο ανταγωνισμό πολυεθνικών ομάδων από τον ακαδημαϊκό κόσμο και τη βιομηχανία.

Το λογισμικό του για την βελτιστοποίηση των φαρμάκων, το οποίο ονομάζεται «ScaffOpt», προβλέπει τη συγγένεια ενός υποψήφιου συνδέτη και του τρόπου αλληλεπίδρασης του με την στοχευόμενη πρωτεΐνη, προκειμένου να προωθηθεί ο ορθολογικός σχεδιασμός φαρμάκων (μια σειρά υπολογιστικών τεχνικών που στοχεύουν να βοηθήσουν στην επιλογή φαρμάκων – όπως μόρια για βιολογικές δοκιμές).

«Ο στόχος λύσεων λογισμικού στην ανακάλυψη φαρμάκων είναι η μείωση του κόστους», εξηγεί ο Δρ. Θωμάς Ευαγγελίδης από την ερευνητική ομάδα του CEITEC. «Το λογισμικό μου είχε υψηλή βαθμολογία και τελικά κατατάχθηκε μεταξύ των 2 καλύτερων στις διάφορες κατηγορίες του διαγωνισμού», προσθέτει ο Ευαγγελίδης.

Οι περισσότερες από τις συμμετέχουσες ομάδες χρησιμοποίησαν το καθιερωμένο λογισμικό, πολλά από τα οποία απαιτούσαν την ανθρώπινη παρέμβαση. Αντίθετα, ο Δρ. Θωμάς Ευαγγελίδης από το CEITEC παρουσίασε τα αποτελέσματα του δικού του έργου και παρουσίασε το νέο, πλήρως αυτοματοποιημένο λογισμικό του.

Το ScaffOpt χρησιμοποιεί μεθόδους εκμάθησης μηχανών για να δημιουργήσει ένα συγκεκριμένο μοντέλο υποδοχής «σε κίνηση» που συνδυάζει την έξοδο ενός συνόλου τεχνητών νευρωνικών δικτύων για να μαντέψει τη συγγένεια δέσμευσης πρωτεϊνών – προσδέματος. Κάθε δίκτυο εκπαιδεύεται χρησιμοποιώντας πληροφορίες σχετικά με τα φαρμακοφόρα, την 2D χημική δομή, το μοριακό σχήμα και τα πρότυπα αλληλεπίδρασης με τη συσχέτιση της ελεύθερης ενέργειας του υποδοχέα ή της ελεύθερης καταλοίπων με τη δέσμευση του συνδέτη.

Ο κώδικας του ScaffOpt βρίσκεται ακόμη υπό ανάπτυξη και θα περιγραφεί λεπτομερώς σε μια προσεχή δημοσίευση.